陳水扁曾說，把“總督府”當成“總統府”是“臺灣最大的悲哀”。為回應蔡英文力推的“轉型正義”，國民黨“立法院”黨團計劃提出相關草案，主張將日本殖民時期的建筑——“總統府”“國史館”等改成博物館，以達到文化教育意義。

據臺灣《聯合報》22日報道，民進黨上臺后力推“轉型正義”，但轉型對象卻刀刀指向國民黨遷臺統治后的時期，讓外界質疑是“針對性處置”。為此，國民黨“立法院”黨團擬提出“促轉四加一法”應對，其中“臺灣總督府及總統府紀念館特別條例”草案主張將“總統府”等日據時期建筑“空間開放”，轉型為博物館群。

國民黨團總召集人廖國棟表示，臺灣要“轉型正義”，日據時期政府治理的不正義當然也不能回避，這其中包括由原“總督府”改成的“總統府”。在日據時代，從“臺灣總督府”內所發出傷害原住民、漢人、客家人的各式殖民命令，不僅強制奪走人民土地，還執行掃蕩政策，殺害數十萬無辜民眾，毀損數萬間房舍。廖國棟認為，基于面對歷史、正視傷痛、尊重人權，前身為“臺灣總督府”的“總統府”有必要轉型，讓具有日本統治權威及日本國旗圖騰的象征空間回歸全民使用，讓它轉型為歷史博物館，記載文化歷史。“總統府”、臺北賓館、“國史館”與臺銀這四棟殖民建筑都應一并轉型為博物館。

對于廖國棟的提議，世新大學客座教授王曉波表示，本來就該如此，“朝鮮的總督府都已經敲掉了”，臺當局要推動“轉型正義”，就不宜還將日本殖民時期的“臺灣總督府”作為“總統府”。《聯合報》稱，韓國將“總督府”視為民族的奇恥大辱，目前只保留尖塔部分，放在天安市郊外的“獨立紀念館”。王曉波說，臺灣當初之所以選擇將日據時期的“臺灣總督府”作為“總統府”，主要是因為國民黨撤退到臺灣時政府沒有錢，“臺灣總督府”又是當時臺灣最大的公署建筑，不得已才用它;但時至今日，臺當局再窮都應考慮將“總統府”遷出。王曉波建議，“總統府”遷出后，原“臺灣總督府”建筑可以敲掉，讓這塊精華地得以開發;要不就干脆仿照戰后大陸圓明園、德國柏林教堂，放著不要修，讓該建筑永存成為日本殘暴統治臺灣的負面教材。