據臺媒報道 臺北市衛生局日前不當配發疫苗引發軒然大波，局長黃世杰公開請辭但市長柯文哲未準，不料6月30日下午臺北市議會召開大會時才知，黃世杰于6月28日至7月27日請假1個月，臺北市府秘書長陳志銘稱因在調查期間，“上位的不在那位子對員工比較好”，仍有代理人可正常運作；議員苗博雅痛批，防疫三級警戒、局長卻擅離職守，臺北市府說法難令市民接受。

臺北市衛生局于6月初接連爆出違規配發疫苗給好心肝、小禾馨診所等特權疫苗爭議，6月10日黃世杰于北市防疫記者會上稱，自己有督導不周之責，當場請辭，柯文哲未置可否，事后才稱待調查清楚再來處理，另也強調，“現在疫情還相當危險”，一切等到疫情穩定后再說。

6月30日臺北市議會召開臨時大會，議員才接獲通知，黃世杰于6月28日至7月27日請假1個月，質疑當前防疫重要關頭，局長未坐鎮恐影響防疫；秘書長陳志銘稱，因配合調查中，暫時不方便再擔任職務，并說“上位的不在那位子對員工比較好”，局長應要避嫌，仍有職務代理人維持衛生局正常運作。

苗博雅怒批市府說詞邏輯不通，此案牽連甚廣，包括疾管科長、員工都被調查，為何僅局長因受到調查而請假，且當前防疫三級警戒情況下，重要的衛生局長竟請長假，如此難令市民接受，之前市長才說防疫期間不宜陣前換將不準辭，如今又給請1個月長假，北市防疫業務的主責長官缺席，竟今日才讓議會知道。

苗博雅要求黃世杰應該銷假上班，沒有正當理由就不來，以后議會沒有尊嚴，想逃避議會就請假，請議長要求黃世杰至少在大會期間，為了維系府會和諧，黃世杰應該來備詢。議長陳錦祥則指示，請臺北市府針對黃世杰請假一案提交書面說明。