養殖三文魚雖然能讓更多消費者吃到這種美味，但正威脅著野生三文魚的生存，原因是養殖三文魚滋生了大量海虱。這種微小生物能附著在魚身上，吞噬魚片和魚肉。

英國《水產養殖環境互動》期刊發表的一篇研究報告寫道：“由于養殖三文魚漁場的海虱數量龐大，(野生三文魚)的洄游量減少了50%以上。”報告作者查看了30年來每年從北大西洋洄游到愛爾蘭艾利夫河的野生三文魚數量以及養殖場海虱數量的數據。作者說，很多三文魚養殖場分布在野生三文魚的洄游路線上，養殖場中的海虱已經對普通殺蟲劑產生抗藥性。

報告作者之一塞繆爾·謝潑德告訴英國《泰晤士報》：“野生三文魚數量已經在承受氣候變化壓力，現在又遭到海虱打擊。”

一些養殖場已經意識到海虱的危害，開始采取措施，包括隔離漁場，防止海虱進入漁場以外水域，有些養殖場則引進嗜食海虱的魚類。